【2025年】フリースクール補助金ガイド｜月額最大2万円！東京都・神奈川県など自治体別支援を徹底解説

不登校のお子様を持つ保護者の皆様にとって、フリースクールは大切な選択肢の一つです。しかし、その利用料は家計にとって決して小さくない負担となります。そんな経済的な悩みを軽減するため、多くの自治体がフリースクールの利用料を補助する制度を実施していることをご存知でしょうか？

この記事では、東京都、神奈川県相模原市、長野県松本市などをはじめとする各自治体の「フリースクール等利用児童生徒支援事業補助金」について、対象者、補助金額、申請方法などを網羅的に比較・解説します。お子様が安心して自分らしく学べる環境を整えるために、ぜひこの制度をご活用ください。この記事を読めば、ご自身の家庭が対象になるか、どのように申請すればよいかが明確になります。

フリースクール補助金とは？不登校支援の現状

なぜ今、フリースクール補助金が注目されているのか

近年、不登校の児童生徒数は増加傾向にあり、文部科学省の調査では過去最多を更新し続けています。このような状況を受け、国や自治体は、学校以外の多様な学びの場や居場所の重要性を認識し、その確保を推進しています。

フリースクールは、子どもたちが安心して過ごせる居場所であり、個々のペースに合わせた学びを提供する重要な社会資源です。しかし、公的な教育機関ではないため、利用には月額数万円の費用がかかることが一般的です。この経済的負担が、フリースクールの利用をためらう一因となっていました。そこで、各自治体が保護者の負担を軽減し、すべての子どもたちが自分に合った学びの場を選択できるよう、補助金制度を創設する動きが広がっています。

制度の目的：多様な学びの場の確保と経済的負担の軽減

この補助金制度の主な目的は、以下の2点です。

• 不登校児童生徒の状況に応じた多様な居場所・学びの場を確保すること
• フリースクール等の利用にかかる保護者の経済的負担を軽減すること

これにより、子どもたちが社会的自立に向けて歩みを進めることを支援し、保護者の不安を和らげることを目指しています。

【自治体別】フリースクール補助金 徹底比較

フリースクール補助金制度は、実施している自治体によって内容が大きく異なります。ここでは、代表的な自治体の制度を比較してみましょう。

自治体	補助金額（上限）	補助率	特徴
東京都	月額2万円	実費（上限あり）	都内在住の小中学生が対象。所得制限なし。
神奈川県相模原市	要綱確認	要綱確認	「市登録フリースクール」の利用が条件。
長野県松本市	月額1万5,000円	対象経費の1/2	「信州型フリースクール」認定施設が対象。
神奈川県	（市町村への補助）	1/3	県が市町村の補助事業を支援する制度。
富山県	要綱確認	要綱確認	県が直接保護者に補助金を交付。

東京都フリースクール等利用者支援事業

都内在住の不登校の小中学生の保護者を対象に、フリースクール等の利用料を月額最大2万円助成します。利用料が月2万円を下回る場合は、その実費額が助成されます。所得制限はなく、多くの家庭が利用しやすい制度です。申請には、都が定める要件を満たす施設であることの確認が必要です。

相模原市フリースクール等利用児童生徒支援事業補助金

相模原市では、不登校児童生徒の居場所・学びの場を確保するため、フリースクール等の利用料を補助しています。この制度の大きな特徴は、補助を受けるためには利用している施設が「市登録フリースクール」であることが条件となっている点です。利用を検討している施設が登録されているか、事前に市のウェブサイトで確認することが重要です。

松本市フリースクール等利用児童生徒支援事業補助金

松本市では、長野県の「信州型フリースクール認定制度」の認定を受けている施設の利用料を補助します。補助額は、各月の対象経費の2分の1以内で、月額上限15,000円です。半年分をまとめて年2回（11月末頃、4月末頃）支給する形式となっています。

補助金の対象となる条件をチェック

対象となる保護者・児童生徒の共通要件

多くの自治体で共通している対象者の要件は以下の通りです。

• 補助を実施している自治体に在住していること。
• 義務教育段階（小学校・中学校）の児童生徒の保護者であること。
• 子どもが在籍校に登校が困難な、いわゆる「不登校」の状態であること。

所得制限については、東京都のように設けていない自治体もあれば、条件がある場合もありますので、必ずお住まいの自治体の要綱を確認してください。

対象となるフリースクールの条件

保護者が補助金を受けるためには、利用するフリースクール等が自治体の定める要件を満たしている必要があります。主な要件は以下の通りです。

• 不登校支援を主たる目的としている通所型の施設であること。
• 一定期間（例：1年以上）の活動実績があること。
• 子どもの社会的自立に向けた相談や指導を提供していること。
• 在籍校と連携できる体制が整っていること。
• 自治体の登録・認定を受けていること（相模原市や松本市など）。

補助対象となる経費・ならない経費

補助金の対象となる経費、ならない経費を正しく理解しておくことが大切です。

区分	具体例
対象となる経費	フリースクール等に通うための正規の利用料（月謝）
対象とならない経費	入会金、施設維持費、教材費、イベント参加費、交通費、食費など

基本的には、毎月定額で支払う「授業料」や「利用料」が対象となり、それ以外の初期費用や実費負担分は対象外となるケースがほとんどです。詳細は各自治体の要綱でご確認ください。

申請から受給までの5ステップ

補助金の申請手続きは自治体によって異なりますが、一般的には以下のような流れで進みます。

1. Step1: 制度の確認と事前登録（エントリー）
   まずはお住まいの自治体のウェブサイトで制度の詳細を確認します。相模原市のように、本申請の前に事前登録（エントリー）が必要な場合があります。
2. Step2: 対象施設の確認
   利用中または利用予定のフリースクールが補助金の対象施設かを確認します。自治体のウェブサイトに対象施設一覧が掲載されていることが多いです。
3. Step3: 交付申請書の提出
   指定された期間内に、交付申請書と必要書類を自治体の担当課に提出します。必要書類には、フリースクールとの契約書や利用状況がわかる書類などが含まれます。
4. Step4: 実績報告書の提出
   一定期間（例：上半期4～9月分）の利用が終わった後、実際に支払った利用料の領収書などを添付して実績報告書を提出します。この報告に基づき、支給額が確定します。
5. Step5: 補助金の受給
   実績報告の審査後、指定した口座に補助金が振り込まれます。申請から受給までには数ヶ月かかる場合があるため、早めの手続きを心がけましょう。

よくある質問（FAQ）

Q1. 所得制限はありますか？

A1. 自治体によります。例えば、東京都の制度には所得制限はありませんが、他の自治体では設けられている可能性があります。必ずお住まいの自治体の最新情報をご確認ください。

Q2. 利用しているフリースクールが対象リストにありません。どうすればいいですか？

A2. まずはフリースクールの運営者に、自治体の補助金対象施設として登録する予定があるかを確認してください。施設側が登録手続きを行うことで、補助金の対象となる場合があります。ただし、期限までに登録が完了しない場合は補助を受けられないため注意が必要です。

Q3. 申請は毎年必要ですか？

A3. はい、補助金は年度ごとに申請が必要です。継続して利用する場合も、毎年定められた期間内に申請手続きを行ってください。

Q4. 複数の子どもが利用している場合、それぞれ申請できますか？

A4. はい、補助金は対象となる児童生徒一人ひとりに対して適用されます。ご兄弟で利用されている場合は、それぞれ申請することが可能です。

Q5. いつ頃、補助金は振り込まれますか？

A5. 多くの自治体では、半年分をまとめて年に2回（例：4～9月分を11月頃、10～3月分を翌年4月頃）支給する形をとっています。申請から振込までには時間がかかることを念頭に置いておきましょう。

まとめ：まずはお住まいの自治体に相談しよう

フリースクール利用料の補助金は、不登校のお子様を持つ家庭にとって非常に心強い制度です。しかし、その内容は自治体によって大きく異なるため、最初に行うべきことは、ご自身がお住まいの市区町村で同様の制度があるかを確認することです。

市区町村のウェブサイトで「フリースクール 補助金」「不登校 支援」などのキーワードで検索するか、教育委員会の担当課に直接問い合わせてみましょう。お子様が安心して学び、成長できる環境を整えるための一歩として、ぜひこの制度の活用を検討してみてください。