強い農業づくり総合支援交付金の次回公募はいつ？実効交付率も検証

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強い農業づくり総合支援交付金の令和8年度（2026年度）の受付は、すべてのタイプで終了しています。国が直接公募する食料システム構築支援タイプ（全国の取組）は、2回目公募が令和8年4月28日（火）午後5時必着で締め切られました（農林水産省・2回目公募のお知らせ（新しいタブで開きます））。残る2タイプは国が個別に公募せず、市町村から都道府県を経て国へ上げる要望ルートで動くため、いま手を打つ相手は市町村の農政担当です。

令和8年度の公募はいつ締め切られた？

国が直接公募したのは食料システム構築支援タイプ（全国の取組）だけで、1回目が令和8年2月3日、2回目が令和8年4月28日に締め切られています。産地基幹施設等支援タイプ・卸売市場等支援タイプについては国のサイトに公募ページ自体がなく、都道府県が市町村経由で要望を取りまとめる方式のため、農林水産省の公募一覧を見張っていても情報は出てきません。

食料システム構築支援タイプの応募資格は「承認された（審査中も含む）食料システム構築計画等に位置付けられた拠点事業者及び連携者」と限定されています（2回目公募のお知らせ（新しいタブで開きます））。つまり公募開始を見てから計画づくりを始めても間に合わない構造で、計画の承認手続きが先に走っていることが前提になります。ここを誤解したまま「次の公募を待つ」と、令和9年度も同じ理由で応募できません。

次回（令和9年度）の公募はいつ？いま何をすべき？

産地基幹施設等支援タイプの次回募集は令和9年1月頃、市町村を通じて行われるのが通例で、群馬県は「補助事業の活用を希望する場合は前年度6月頃までに市町村へ相談」と明記しています（群馬県（新しいタブで開きます））。2026年8月の時点は、書類を書く時期ではなく相談と合意形成の締切を過ぎつつある時期です。

食料システム構築支援タイプは国の直接公募で、令和8年度は1月と4月の2回に分かれました。過去の日程を見ると1回目は令和7年も令和8年も1月27日開始で揃っており（令和7年度当初予算のページ（新しいタブで開きます）／令和8年度1回目公募（新しいタブで開きます））、令和9年度も1月下旬の1週間程度という前提で逆算するのが現実的です。公募期間は8日間しかありません。この短さが、計画承認を先に済ませておくべき理由です。

受付終了の制度で「次に何を狙うか」を決めかねている場合は、条件を入力して候補を絞る補助金診断で自分が対象になる制度を3分で洗い出すところから始めると、相談時に持っていく話が具体的になります。

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交付決定から入金までの立替期間を、どう埋めるか

（新しいタブで開きます）

向いている人

• 交付決定は受けたが、施設の支払いが補助金の入金より先に来る農業法人
• 総事業費5,000万円規模で、自己負担分の運転資金が一時的に薄くなる法人
• 出荷先への売掛金はあるが、入金サイトが長い法人

向いていない人

• 市町村・JA・都道府県など、立替の必要がない公的主体
• 個人事業として営農している方（法人向けのため対象外）
• 自己資金と金融機関の融資枠で完済まで賄える法人

この交付金は精算払いです。実績報告と検査を経てから交付されるため、施設の代金は先に自分で支払う必要があります。後述の集計どおり自己負担は総事業費の6割近くになることもあり、着工から入金までの数か月が資金繰りの山場になります。売掛債権を使った資金化は融資と違い負債を増やさないため、補助金の実績報告を控えた時期の選択肢になります。

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3つのタイプで補助率と申請ルートはどう違う？

この交付金は1つの名称のもとに3つの別々の事業（別記1〜3）が束ねられた交付金で、補助率も申請ルートも別物です。令和8年4月7日改正の交付等要綱では、別記1が産地基幹施設等支援タイプ、別記2が卸売市場等支援タイプ、別記3が食料システム構築支援タイプと定められています（令和8年度関係通知（新しいタブで開きます））。

制度全体の位置づけや対象施設の分類から確認したい場合は、強い農業づくり総合支援交付金の対象事業と申請の全体像を先に読むと、この記事のスケジュール情報が使いやすくなります。実際に書く段になったら申請書の書き方と記入例、農地側の要件整理には農地利用効率化等支援の交付要件が対応します。

補助率1/2なのに、手元に半分が残らないのはなぜ？

結論から言うと、総事業費に補助対象外の経費が含まれるため、国交付金が総事業費に占める割合は実測で42.2%まで落ちます。山形県が交付等要綱に基づいて公表している交付対象事業一覧（平成21年度〜令和6年度）から整備事業の総事業費と国交付金を筆者が集計したところ、14年度分の合計は総事業費8,408,996千円に対し国交付金3,551,841千円でした（山形県 交付対象事業一覧（新しいタブで開きます）／2026年8月8日時点の掲載値を集計）。

読み取れることは3つあります。第一に、実効交付率は最低35.9%（平成28年度）から最高47.8%（平成25年度）の幅で動き、1度も50%に届いていません。第二に、直近5年度分（令和元・2・3・4・6年度）だけを取ると44.3%で、近年のほうがやや高い水準です。第三に、平成30年度と令和5年度は交付対象事業がゼロで、要望を出せば毎年通る制度ではないことが県の公表資料から読み取れます。

差が生まれる主因は、用地取得費・付帯工事・事務費など補助対象外の経費が総事業費に含まれることです。「2分の1以内」は補助対象経費に対する率であり、総事業費に対する率ではありません。下の試算で、自分の計画の対象外経費比率を入れて自己負担額を確認してください。

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費用対効果分析と実績報告の証拠書類を、経理側から固める

（新しいタブで開きます）

向いている人

• 費用対効果分析の増収額・コスト削減額を、実績値で裏づけたい農業法人
• 実績報告で支出証拠書類を年度末にまとめて探している経理担当
• 補助対象経費と対象外経費を勘定科目で分けて管理したい法人

向いていない人

• 会計処理を市町村・都道府県が行う公的主体
• すでに会計事務所の専用システムで補助金別の管理ができている法人
• 単年度の小規模な機械導入のみで、原価管理の必要がない経営体

この交付金の審査では費用対効果分析が求められ、交付後も成果指標（産地出荷量・収益額等）の達成状況を追跡する必要があります。目標未達なら一部返還を求められることもあるため、施設稼働後の数値を日常の会計データから取り出せる状態にしておくと、実績報告と次回申請の両方が軽くなります。

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「採択率55%」という数字は信用できる？

結論として、この記事は旧版に掲載していた「採択率55%」を撤回しました。農林水産省の制度ページ・交付等要綱・公募のお知らせ、および都道府県が公表している交付対象事業一覧と評価報告書を確認しましたが、全国の申請件数と採択件数を対比した公表資料が存在しません。裏づけのない採択率は、5,000万円規模の投資判断を誤らせます。

そもそも産地基幹施設等支援タイプは、事業者が国のポータルへ応募して合否が出る競争型の公募ではありません。市町村が要望を集め、都道府県が取りまとめ、国が配分基準に従って配分する仕組みです。したがって「何％が通るか」ではなく、都道府県の要望枠に自分の計画が載るかどうかが実質的な勝負になります。判断材料として使えるのは、次の3つの公表物です。

申請できるのは誰か、5つの要件で確かめる

産地基幹施設等支援タイプは、個人農家の単独申請ができません。申請主体はJA・農業者団体・農業法人・市町村等で、産地全体の収益向上を目的とした取組であることが前提です。加えて、受益農業従事者（原則年間150日以上の常時従事者）が5名以上であること、産地基幹施設の整備なら原則として総事業費が5,000万円以上であることが要件になります（群馬県（新しいタブで開きます）／農林水産省（新しいタブで開きます））。

要件を1つでも満たせない場合、この交付金にこだわるより規模の小さい制度に切り替えたほうが早く投資できます。個別経営体で機械・施設を導入するなら地域農業構造転換支援事業（最大3,000万円）、都道府県単位の上乗せなら熊本県の農業機械・施設整備補助金や伊勢原市のスマート農業等導入支援が候補です。新規就農の段階なら沖縄県の新規畑人資金支援のような就農準備型の給付が対応します。

都道府県によって窓口と公表内容はどう違う？

同じ交付金でも、県によって公表している情報の粒度がまったく違います。要望を出す前に、事業予定地の県が「何を、どこまで出しているか」を把握しておくと、計画書に書くべき水準が読めます。

山形県のように財源内訳まで出している県なら、この記事の実効交付率と同じ計算を自分の県で再現できます。逆に群馬県・福島県のように実績を出していない県では、担当課へ直接「直近3年の交付実績と、県内で優先されている施設類型」を尋ねるのが最短です。県内の他の農業向け制度は山形県の補助金一覧のような都道府県別ページからも確認できます。

交付決定のあと、何をすればいい？

交付決定通知を受け取るまで、発注も着工もできません。ここを踏み外すと補助対象外になり、事業そのものが崩れます。決定後の実務は次の順です。

1. 交付決定通知の受領を確認してから発注・着工する。通知前の契約・発注は補助対象外になります。工程表と費用管理記録は着工日から保管してください。
2. 計画変更が生じたら、速やかに都道府県へ変更承認申請を出す。無断変更は交付取消しの対象です。資材高騰による事業費増もここで扱います。
3. 実績報告書・支出証拠書類・施工写真を期限内に提出する。補助対象経費と対象外経費を分けた集計が求められます。
4. 検査・確認を経て精算払いを受ける。ここまでの立替期間が資金繰りの山場です。
5. 成果指標の達成状況を毎年記録する。産地出荷量・収益額などの目標未達は一部返還や次回審査への影響につながります。

あわせて確認したい農業向けの補助金・交付金は？

令和9年度の要望に間に合わない場合でも、規模と目的を変えれば使える制度があります。まず全体像を押さえるなら農業の補助金・交付金まとめ（2026年版）で目的別に絞り込むのが早道です。

最終更新：2026年8月8日（令和8年度2回目公募の締切実績と、山形県の令和6年度交付実績までを反映）

出典

• 強い農業づくりの支援（農林水産省）（新しいタブで開きます）
• 2026年度 強い農業づくりの支援に係る関係通知（交付等要綱 令和8年4月7日改正・別記1〜3／農林水産省）（新しいタブで開きます）
• 令和8年度 食料システム構築支援タイプ（全国の取組）1回目公募（農林水産省）（新しいタブで開きます）
• 令和8年度 食料システム構築支援タイプ（全国の取組）2回目公募（農林水産省）（新しいタブで開きます）
• 強い農業づくり総合支援交付金（令和7年度当初予算・補助率と要件／農林水産省）（新しいタブで開きます）
• 強い農業づくり総合支援交付金の事業について（山形県・交付対象事業一覧）（新しいタブで開きます）
• 強い農業づくり総合支援交付金（産地基幹施設等支援タイプ）（群馬県）（新しいタブで開きます）
• 強い農業づくり総合支援交付金について（茨城県）（新しいタブで開きます）
• 強い農業づくり総合支援交付金について（宮崎県）（新しいタブで開きます）
• 強い農業づくり交付金について（兵庫県）（新しいタブで開きます）
• 強い農業づくり総合支援交付金（産地基幹施設等支援タイプ）について（福島県）（新しいタブで開きます）