【2025年】フリースクール等利用児童生徒支援補助金｜最大2万円/月・申請ガイド

フリースクール等利用児童生徒支援補助金とは？制度の全体像

2025年現在、全国の小中学校における不登校児童生徒数は増加の一途をたどっており、学校以外の「第二の学びの場」としてフリースクールの需要が高まっています。しかし、公立学校とは異なり、民間のフリースクールに通うには月額平均3万円〜5万円程度の費用がかかることが一般的です。この経済的負担は保護者にとって大きな悩みとなっています。

こうした背景を受け、各自治体（都道府県や市区町村）が独自に実施しているのが「フリースクール等利用児童生徒支援補助金」です。この制度は、不登校の児童生徒が学校外の施設で学ぶ際に発生する授業料や利用料の一部を助成し、教育機会の確保と保護者の負担軽減を目的としています。

なぜ今、支援が拡充されているのか

2017年に施行された「教育機会確保法」により、学校以外の場での多様な学習活動の重要性が法的に認められました。これに伴い、国もフリースクール等に通う子供への支援を推奨しており、独自の助成制度を設ける自治体が増加しています。特に2024年から2025年にかけては、東京都をはじめとする都市部での支援策が強化される傾向にあります。

【2025年版】助成金額と補助率の相場

補助金の内容は自治体の財政規模や方針によって異なりますが、一般的な相場と仕組みを解説します。多くの自治体では、利用料の「半額」または「定額」を補助する形式をとっています。

具体的な計算シミュレーション

例えば、月額利用料が4万円のフリースクールに通う場合を想定します。

• ケースA（月額最大2万円補助の自治体）：
  利用料4万円 – 補助金2万円 = 自己負担2万円
• ケースB（補助率1/2、上限1万円の自治体）：
  計算上は2万円だが上限適用で補助金1万円 = 自己負担3万円

このように、単に「最大〇〇円」という数字だけでなく、補助率や上限規定をよく確認することが大切です。

補助金の対象となる条件・要件

お金がもらえる制度である以上、一定の条件を満たす必要があります。特に「出席扱い」との関連性は非常に重要です。

1. 対象となる児童生徒

基本的には、以下の条件を全て満たす児童生徒が対象となります。

• 申請する自治体に住民票があること。
• 小・中学校（義務教育段階）に在籍していること。※高校生を対象とする自治体もあります。
• 病気や経済的な理由を除き、年間30日以上欠席している（またはその見込みがある）「不登校」の状態にあること。

2. 対象となる施設の要件

「フリースクール」と名乗っていればどこでも良いわけではありません。自治体が定める基準を満たしている必要があります。

特に最近では、オンラインフリースクール（メタバース登校など）を対象に含めるかどうかが自治体によって分かれています。東京都など一部の先進的な自治体ではオンラインも対象となる場合がありますが、基本的には「通所」が条件となることが多いです。

3. 「出席扱い」認定との関係

多くの自治体で補助金の支給要件として設定されているのが、「在籍校の校長が、フリースクールへの通所を出席扱いとして認めていること」です。

これは、文部科学省の通知に基づき、学校外の施設での学習が適切であると校長が判断した場合に、指導要録上「出席」として扱う制度です。補助金申請には、学校長が作成する「出席扱い認定書」や「意見書」の添付が求められるケースが非常に多くあります。

補助対象となる経費・ならない経費

フリースクールに通うためには様々な費用がかかりますが、すべてが補助されるわけではありません。

対象となる主な経費

• 授業料（月謝）： 毎月固定で支払う受講料。
• 施設利用料： 建物の維持管理費などとして徴収される費用。
• 教材費： 施設が指定する学習教材の実費（対象外の場合もあり）。

対象外となることが多い経費

• 入会金・入学金： 初回のみ支払う費用は対象外となることが一般的です。
• 交通費： 通所にかかる電車賃やバス代（別途、交通費補助がある自治体を除く）。
• 食費・おやつ代： 昼食代などは自己負担です。
• イベント参加費・宿泊費： 修学旅行やキャンプなどの臨時費用。

申請から受給までの5ステップ

申請手続きは年度単位で行われることが多く、4月から翌年3月までの利用分を申請します。一般的な流れは以下の通りです。

ステップ1：情報収集と要件確認

まず、お住まいの自治体（市役所・区役所の教育委員会や子育て支援課）のウェブサイトで「不登校支援」「フリースクール補助金」などのキーワードで検索し、募集要項（ガイドライン）を入手します。申請期限を確認しましょう。

ステップ2：学校・施設への相談

申請には「在籍校」と「フリースクール」双方の協力が必要です。

• フリースクール側： 利用証明書や領収書の発行依頼。また、その施設が補助対象施設かどうかの確認。
• 在籍校側： 出席扱いの認定可否の相談、意見書の作成依頼。

ステップ3：必要書類の準備

以下の書類が一般的です。

ステップ4：申請書の提出

書類が揃ったら、指定された窓口へ提出します。最近ではオンライン申請や郵送対応のみの自治体も増えています。提出期限厳守です。

ステップ5：審査・決定通知・振込

自治体での審査を経て、交付決定通知書が届きます。その後、指定口座に補助金が振り込まれます。多くの自治体では、数ヶ月分をまとめて後払い（償還払い）する形式をとっています。

例えば、「4月〜9月分を10月に申請し、11月に振込」「10月〜3月分を3月に申請し、4月に振込」といったサイクルです。つまり、一時的には全額を立て替える必要がある点に注意してください。

採択されるためのポイントとトラブル回避術

せっかく申請しても、書類不備や要件不足で不採択になっては意味がありません。確実に受給するためのポイントを解説します。

主要自治体の実施事例（2024-2025年実績ベース）

参考として、積極的に支援を行っている自治体の事例を紹介します。※内容は変更される可能性があるため、必ず最新情報を公式HPでご確認ください。

東京都：フリースクール等利用者支援事業

都内在住の小中学生を対象に、月額2万円（年間最大24万円）を助成。都が認定したフリースクール等を利用していることが条件です。調査協力金という名目で支給されるケースもあります。

神奈川県相模原市

不登校児童生徒等フリースクール利用補助金として、月額最大2万円（利用料の1/2）を補助。認定施設を利用していることが条件です。

千葉県千葉市

学校外教育サービス利用助成事業として、不登校児童生徒が塾やフリースクールを利用する際の費用を助成するクーポン（スタディクーポン）などを検討・実施する動きがあります。

長野県（信州型フリースクール認証制度）

県がフリースクールを認証し、認証を受けた施設に通う家庭への支援を行う自治体（松本市など）と連携しています。

よくある質問（FAQ）

まとめ

フリースクール等利用児童生徒支援補助金は、不登校のお子様を持つ家庭にとって、経済的な支えとなる重要な制度です。月額2万円程度の補助であっても、年間では24万円となり、家計への負担軽減効果は決して小さくありません。

制度を利用するためには、「学校出席扱い」の認定や、領収書の管理、期限内の申請など、保護者が能動的に動く必要があります。しかし、これは単にお金をもらうための手続きというだけでなく、学校や行政とお子様の状況を共有し、社会全体でお子様の成長を見守る体制を作るきっかけにもなります。

まずは、お住まいの自治体のホームページを確認するか、窓口へ問い合わせてみましょう。2025年は支援の輪がさらに広がっている可能性があります。あきらめずに情報を集め、活用できる制度はフルに活用して、お子様が安心して学べる環境を整えてあげてください。