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【三重県】 【全国】医療機関・薬局向け最大100万円超！電子処方箋導入補助金の申請ガイド（2025年）
★ 難易度：
高
最大100.3万円（都道府県上乗せ分）
令和7年度の電子処方箋導入補助金を徹底解説！国と都道府県の二階建て補助により、大規模病院なら最大100.3万円、診療所なら最大13.8万円の支援が受けられます。リフィル処方箋等の新機能も対象。申請にはGビズIDと国の交付決定が必須です。期限...
対象：
保険医療機関（病院・診療所）、保険薬局...
募集終了
【2025年度】医療費助成オンライン資格確認システム改修補助金｜最大60万円・医療機関/薬局対象・締切2026年1月15日
3秒でわかる要点
【2025年度】医療費助成オンライン資格確認システム改修補助金は、診療所・病院・薬局向けに最大60万円を支援。レセコン改修で医療DXを推進します。申請条件、補助金額、必要書類、2026年1月15日の締切までを完全網羅。
補助金詳細
確認要件
制度・対象の確認
申請対象
会社規模・事業内容
申請書類
計画書の作成・準備
申請・審査
結果通知・交付
最大60万円
最大支給額
2026年1月15日
申請期限
普通
申請難易度
対象事業者（法人・個人）
主催機関
厚生労働省（社会保険診療報酬支払基金）
対象地域
全国
対象事業者
医療費助成のオンライン資格確認を導入するため、レセプトコンピュータ等のシステム改修を行う診療所、病院、薬局。具体的には、医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得する改修や、マイナンバーカードを診察券 ...
主な申請要件・条件
● 対象経費
- 医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するためのレセプトコンピュータの改修費用。マイナンバーカードを診察券として利用するためのレセプトコンピュータ等の改修費用。病院における再来受付機の改修費用や購入時のオプション費用も対象。
● 必要書類
領収書, 領収書内訳書, システム改修に係るチェックシート（ベンダー記入）
| 補助率 | 2025/12/05 |
|---|---|
| 採択率 | 30.0% |
補助金・助成金の概要
Overview2025年度（令和7年度）の「医療費助成のオンライン資格確認に係る医療機関・薬局向けシステム改修補助金」について解説します。この補助金は、診療所、病院、薬局がマイナンバーカードを医療費助成の受給者証として利用可能にするためのレセプトコンピュータ（レセコン）等のシステム改修費用を支援するものです。医療DX推進の一環として、最大60万円が補助されます。申請期間は2026年1月15日までとなっており、予算に限りがあるため早期の申請が推奨されます。
この記事でわかること
- 補助金の目的と概要（医療DXとの関連性）
- 対象となる医療機関・薬局と具体的な改修内容
- 施設別の補助上限額と補助率の詳細な計算方法
- 申請方法、必要書類、2026年1月15日までの申請スケジュール
この補助金の概要・ポイント
本補助金は、政府が推進する「医療DX」の一環として、厚生労働省が実施する制度です。患者がマイナンバーカード1枚で医療費助成の資格確認を受けられるようにすることで、医療機関・薬局の受付業務の効率化と、患者の利便性向上を目指します。具体的には、医療費助成（公費負担医療、地方単独医療費助成）の受給者証情報をオンラインで確認したり、マイナンバーカードを診察券として利用したりするためのシステム改修が対象となります。令和7年5月時点で既に全国183の自治体、約2.5万の医療機関・薬局で導入が進んでおり、今後さらなる拡大が見込まれています。
この補助金の重要ポイント
- 補助金額: 最大60万円（病院で再来受付機改修を含む場合）
- 補助率: 1/2 または 3/4（施設や改修内容により異なる）
- 対象者: 全国の診療所、病院、薬局
- 申請期限: 2026年1月15日（木）まで ※予算上限に達し次第終了の可能性あり
対象者・申請要件の詳細
対象となる事業者
この補助金は、保険医療機関・薬局として指定を受けている施設が対象です。具体的には、診療所、病院、薬局の3つの区分に分けられ、それぞれ補助内容が異なります。医療費助成のオンライン資格確認を導入するために必要なレセコンや関連システムの改修を行う事業者が申請できます。
| 区分 | 条件 | 対象可否 |
|---|---|---|
| 診療所 | レセコン改修により医療費助成のオンライン資格確認またはマイナ診察券利用を導入する施設 | ○ 対象 |
| 病院 | レセコンや再来受付機等の改修により医療費助成のオンライン資格確認またはマイナ診察券利用を導入する施設 | ○ 対象 |
| 薬局 | レセコン改修により医療費助成のオンライン資格確認を導入する施設 | ○ 対象 |
| 対象外の事業者 | 保険医療機関・薬局の指定を受けていない施設、またはシステム改修を伴わない場合 | × 対象外 |
補助金額・補助率の詳細
補助金額と補助率は、施設の種別（診療所、病院、薬局）や改修内容によって細かく設定されています。以下にそれぞれのケースをまとめました。補助額は千円未満切り捨てとなります。
診療所の場合
診療所では、医療費助成のオンライン資格確認対応、またはマイナ診察券対応のいずれか、あるいは両方の改修が対象です。いずれの場合も補助上限額は同じです。
最大補助金額
5.4万円
補助率
3/4
※事業費7.3万円が上限
病院の場合
病院では、再来受付機等の改修を含むかどうかで補助上限額が大きく変わります。医療費助成対応とマイナ診察券対応を同時に行う場合も、以下の補助額が適用されます。
- 再来受付機等の改修を含む場合: 最大60万円（事業費120万円上限、補助率1/2）
- 再来受付機等の改修を含まない場合: 最大28.3万円（事業費56.6万円上限、補助率1/2）
薬局の場合
薬局では、医療費助成のオンライン資格確認のための改修が対象です。大型チェーン薬局かどうかで補助率が異なります。
- 大型チェーン薬局以外: 最大5.4万円（事業費7.3万円上限、補助率3/4）
- 大型チェーン薬局: 最大3.6万円（事業費7.3万円上限、補助率1/2）
補助対象経費の詳細
対象となる経費
| 経費区分 | 内容・具体例 | 対象 |
|---|---|---|
| システム改修費 | レセプトコンピュータのソフトウェア改修、プログラム修正、機能追加にかかる費用。 | ○ |
| 機器改修・購入費 | 【病院のみ】再来受付機の改修費用。また、改修だけでなく、購入した際のオプション費用も対象。 | ○ |
| 導入作業費 | システムベンダーによる導入設定、操作指導など、改修に直接関連する作業費用。 | ○ |
| 汎用的な経費 | パソコンやサーバー本体の購入費用、インターネット回線費用、消費税など。 | × |
経費に関する注意事項
- 補助金の対象となるのは、あくまでオンライン資格確認機能の導入に直接必要な改修費用です。
- 領収書と内訳書で、対象経費と対象外経費が明確に区別できるようにしておく必要があります。
申請から採択までの流れ
この補助金は、システム改修を完了し、費用を支払った後で申請する「精算払い（後払い）」方式です。申請期間は2025年6月6日から2026年1月15日までです。
1
システムベンダーへ相談・発注
現在利用しているレセコンのシステムベンダーに、医療費助成のオンライン資格確認等に対応するための改修を依頼します。見積もりを取得し、内容を確認した上で発注します。
2
システム改修の実施と支払い
ベンダーによるシステム改修が完了したら、請求書に基づき費用を支払います。このとき、必ず領収書と費用の内訳がわかる書類（領収書内訳書）を受け取ります。
3
必要書類の準備
申請に必要な「領収書」「領収書内訳書」「システム改修に係るチェックシート」を準備します。チェックシートはシステムベンダーに記入を依頼する必要があります。
4
オンライン申請
「医療機関等向け総合ポータルサイト」にアクセスし、オンラインで申請手続きを行います。準備した書類のデータをアップロードします。申請期間は2026年1月15日までです。
5
審査・補助金交付
社会保険診療報酬支払基金にて申請内容が審査され、要件を満たしていれば交付が決定されます。その後、指定した口座に補助金が振り込まれます。
採択されるためのポイント・コツ
この補助金は、要件を満たしていれば基本的に採択されるものですが、予算には限りがあります。スムーズに手続きを進め、確実に受給するためにはいくつかのポイントがあります。
審査で高評価を得るポイント
- 早期の申請を心がける
予算の範囲内で実施されるため、申請期間の終了を待たずに受付が締め切られる可能性があります。改修・支払いが完了したら、速やかに申請手続きを行いましょう。 - ベンダーとの密な連携
申請にはベンダーが記入する「チェックシート」が必須です。事前に補助金申請の意向を伝え、必要書類の準備に協力してもらえるよう、良好な関係を築いておくことが重要です。 - 書類の正確性を担保する
領収書や内訳書に記載された金額と、申請する金額に相違がないか、複数人でダブルチェックしましょう。軽微なミスが審査の遅れや差し戻しの原因となります。 - 一括申請のルールを遵守する
医療費助成対応とマイナ診察券対応の改修を別々の時期に行った場合でも、申請は一度にまとめて行う必要があります。このルールを理解し、計画的に申請準備を進めましょう。
よくある失敗・注意点
- 領収書の内訳が不明確 → 対策: ベンダーに依頼し、補助対象経費（ソフトウェア改修費など）と対象外経費（ハードウェア費など）が明確にわかる内訳書を発行してもらう。
- チェックシートの準備遅れ → 対策: 改修を発注する段階で、ベンダーにチェックシートの記入を依頼しておく。申請直前になって慌てないようにする。
- 2024年度の改修分を申請し忘れる → 対策: 2024年度（令和6年度）に実施した改修も本補助金の対象です。過去の支払い記録を確認し、漏れなく申請に含める。
必要書類チェックリスト
| 書類名 | 入手先・備考 | 必須/任意 |
|---|---|---|
| 領収書 | システム改修を行ったベンダーから受領。支払いの事実を証明する書類。 | 必須 |
| 領収書内訳書 | ベンダーから受領。請求書や見積書など、費用の内訳がわかる書類。 | 必須 |
| システム改修に係るチェックシート | 様式をポータルサイト等で入手し、ベンダーに記入を依頼。改修内容を証明する書類。 | 必須 |
活用事例・想定シーン
内科診療所
補助額 5.4万円
地域の高齢者が多く利用するため、公費負担医療の資格確認に手間がかかっていた。レセコン改修でオンライン資格確認を導入し、受付での入力作業や確認ミスが大幅に削減された。
地域中核病院
補助額 60万円
患者の利便性向上と受付混雑緩和のため、レセコン改修と同時に再来受付機のマイナ診察券対応改修を実施。患者はマイナンバーカード1枚で受付から資格確認まで完了でき、満足度が向上した。
調剤薬局
補助額 5.4万円
複数の医療機関からの処方箋を受け付けるため、様々な公費情報の確認が必要だった。オンライン資格確認導入により、正確かつ迅速な情報取得が可能になり、患者の待ち時間短縮と事務負担軽減に繋がった。
よくある質問（FAQ）
Q
2024年度（令和6年度）にシステム改修を行いましたが、補助金の対象になりますか？
はい、対象となります。2024年度に実施し、支払いが完了している改修についても、今回の申請期間内（2025年6月6日～2026年1月15日）に申請することが可能です。
Q
医療費助成の改修とマイナ診察券の改修を別々に行いました。申請も別々に行うのですか？
いいえ、申請は一括で行う必要があります。改修の実施時期が異なっていても、申請は1施設につき1回にまとめて行ってください。複数回の申請は認められていませんのでご注意ください。
Q
補助金はいつ頃振り込まれますか？
申請後、社会保険診療報酬支払基金による審査が行われます。審査完了後、交付決定通知が送付され、その後、指定された口座に補助金が振り込まれます。具体的なスケジュールは公表されていませんが、一般的に申請から数ヶ月かかることが多いです。
Q
どのシステムベンダーに依頼すれば補助金の対象になりますか？
特定のベンダーの指定はありません。現在お使いのレセプトコンピュータのベンダーに、本補助金の対象となるシステム改修に対応可能か問い合わせるのが最も確実です。多くの主要ベンダーは対応しています。
Q
補助金の問い合わせはどこにすればよいですか？
補助金の詳細や申請手続きに関する問い合わせは、「オンライン資格確認等コールセンター（0800-080-4583）」で受け付けています。また、最新情報は「医療機関等向け総合ポータルサイト」で確認できます。
まとめ
「医療費助成のオンライン資格確認に係るシステム改修補助金」は、医療現場のDXを加速させるための重要な支援策です。診療所、病院、薬局を対象に、レセコン等の改修費用として最大60万円が補助されます。申請は2026年1月15日までですが、予算が限られているため、早期の対応が鍵となります。
この機会にシステム改修を行い、受付業務の効率化と患者サービスの向上を実現しましょう。まずは現在利用中のシステムベンダーに相談し、見積もりと改修スケジュールを確認することから始めてください。
この補助金の申請をお考えの方へ
申請手続きや書類準備に不安がある場合は、専門家への相談も有効です。スムーズな申請で、確実に補助金を活用しましょう。
免責事項: 本記事の情報は作成時点のものです。補助金の内容は変更される場合がありますので、申請前に必ず公式サイトで最新情報をご確認ください。本記事の情報に基づいて行った申請の結果について、当サイトは一切の責任を負いません。
申請前チェックリスト
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|---|---|---|---|---|---|---|
| 補助金額 | 最大60万円 | 最大100.3万円（都道府県上乗せ分） | 最大50万円（客室数による） | システム改修・更新費用の全額（1,000円未満切り捨て） | 最大14.1万円 | 最大100万円超 |
| 補助率 | 2025/12/05 | — | 補助対象経費の2分の1以内。補助上限額は1施設あたりの客室数に応じて5万円から50万円まで変動します。 | 補助対象経費の10分の10（全額）。算出された補助額の1,000円未満の端数は切り捨てられます。 | — | — |
| 申請締切 | 2026年1月15日 | 令和7年12月下旬まで（自治体により異なる） | 令和8年2月28日（土曜日）まで | 令和8年1月31日（交付申請書提出締切） | 令和8年2月27日まで | 令和8年1月30日まで（各制度による） |
| 難易度 | ||||||
| 採択率 AI推定 | 30.0% ※参考値 | 90.0% ※参考値 | 85.0% ※参考値 | 90.0% ※参考値 | 95.0% ※参考値 | 60.0% ※参考値 |
| 準備目安 | 約14日 | 約14日 | 約14日 | 約14日 | 約14日 | 約14日 |
| 詳細 | — | 詳細を見る → | 詳細を見る → | 詳細を見る → | 詳細を見る → | 詳細を見る → |
よくある質問
Q この補助金の対象者は誰ですか？
医療費助成のオンライン資格確認を導入するため、レセプトコンピュータ等のシステム改修を行う診療所、病院、薬局。具体的には、医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得する改修や、マイナンバーカードを診察券として利用するための改修を行う事業者が対象となります。
Q 申請に必要な書類は何ですか？
領収書, 領収書内訳書, システム改修に係るチェックシート（ベンダー記入）
Q どのような経費が対象になりますか？
医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するためのレセプトコンピュータの改修費用。マイナンバーカードを診察券として利用するためのレセプトコンピュータ等の改修費用。病院における再来受付機の改修費用や購入時のオプション費用も対象。
Q 申請から採択までどのくらいかかりますか？
通常、申請から採択決定まで1〜2ヶ月程度かかります。
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情報ソース
厚生労働省（社会保険診療報酬支払基金）
2025年12月5日 確認済み
