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【令和7年度】医療機関・薬局向けシステム改修補助金（医療費助成オンライン資格確認）

3秒でわかる要点

医療機関・薬局向けに、医療費助成の受給者証をマイナンバーカードで確認するためのシステム改修費を補助します。診療所は最大5.4万円、病院・薬局も対象。申請は2025年6月6日から。（98文字）

約5分で読了 97回閲覧 2025年12月6日最新情報

確認要件

制度・対象の確認

申請対象

会社規模・事業内容

申請書類

計画書の作成・準備

申請・審査

結果通知・交付

最大60万円

最大支給額

2026年1月15日

申請期限

普通

電子申請対応

対象事業者（法人・個人）

主催機関

社会保険診療報酬支払基金

対象地域

全国

対象事業者

医療機関（病院、診療所）、薬局

主な申請要件・条件

● 対象経費

● 必要書類

領収書、領収書内訳書、システム改修に係るチェックシート

補助率	診療所3/4、病院1/2、薬局3/4（大型チェーン1/2）
採択率	不明

補助金・助成金の概要

Overview

「マイナンバーカードで医療費助成の受給者証を確認できるようにしたい」「システム改修の費用負担を抑えたい」とお考えの医療機関・薬局の皆様へ。

厚生労働省による「医療費助成のオンライン資格確認に係る医療機関・薬局向けシステム改修補助金」は、公費負担医療や地方単独医療費助成の受給者証情報をオンラインで確認するためのレセプトコンピュータ改修等を支援する制度です。本記事では、補助金の詳細や申請手続きについて解説します。

この記事でわかること

―診療所、病院、薬局ごとの補助上限額と補助率
―対象となるシステム改修の具体的な内容（マイナ診察券対応など）
―令和7年6月6日から開始される申請受付のスケジュール
―申請に必要な「領収書」「内訳書」「チェックシート」の準備
―医療機関等向け総合ポータルサイトでの手続き方法

制度の概要

本補助金は、医療機関や薬局がマイナンバーカードを用いて医療費助成（公費負担医療、地方単独医療費助成）の受給者証情報をオンラインで確認できるようにするためのシステム改修費用を支援するものです。これにより、受給者証の提示が不要になるなど、患者・医療機関双方の利便性向上が期待されます。

項目	内容
実施機関	社会保険診療報酬支払基金（厚生労働省）
補助上限額	施設により異なる（最大60万円）
補助率	3/4 または 1/2
申請期間	2025年6月6日〜2026年1月15日
申請方法	オンライン申請

補助金額と補助率

医療機関の種類や改修内容によって補助上限額と補助率が異なります。

診療所

補助上限額：5.4万円（事業費7.3万円上限）
補助率：3/4

病院

再来受付機等の改修を含む場合：上限60.0万円（事業費120万円上限、補助率1/2）
再来受付機等の改修を含まない場合：上限28.3万円（事業費56.6万円上限、補助率1/2）

薬局

大型チェーン薬局以外：上限5.4万円（事業費7.3万円上限、補助率3/4）
大型チェーン薬局：上限3.6万円（事業費7.3万円上限、補助率1/2）

対象となる改修内容

以下のいずれかの改修を行う場合に補助対象となります。

1. 医療費助成のオンライン資格確認
医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するためのレセコン改修。
2. マイナ診察券対応との一体改修
上記に加え、マイナンバーカードを診察券として利用するための改修（マイナ診察券）も行う場合。
3. マイナ診察券のみの改修
マイナ診察券の機能を利用するためのレセコン改修のみを行う場合も対象です（診療所・病院のみ）。

申請の流れ

申請は「医療機関等向け総合ポータルサイト」から行います。

システム改修の実施

ベンダーに依頼し、レセコン等の改修を行います。

書類の準備

領収書、領収書内訳書、システム改修に係るチェックシート（ベンダー記入）を用意します。

申請

医療機関等向け総合ポータルサイトから申請します。

申請に必要な書類

以下の3点の書類が必要です。

領収書
領収書内訳書
システム改修に係るチェックシート（ベンダーに記入を依頼してください）

まとめ

医療費助成のオンライン資格確認導入は、事務負担の軽減や患者サービスの向上につながります。補助金を活用して、システム改修をご検討ください。申請期限は2026年1月15日までですが、予算に限りがあるため、早めの申請をお勧めします。

申請をご検討の方へ

申請は「医療機関等向け総合ポータルサイト」から行えます。詳細は以下をご確認ください。

申請期限：2026年1月15日

公式サイト：医療機関等向け総合ポータルサイト

情報ソース：厚生労働省、社会保険診療報酬支払基金（2025年6月確認）

※本記事の情報は作成時点のものです。最新情報は必ず公式サイトでご確認ください。

申請前チェックリスト

0 / 7 完了 0%

申請資格

必須対象者の要件を満たしている

医療機関（病院、診療所）、薬局

必須対象経費に該当する事業である

スケジュール

必須申請期限内である

締切: 2026年1月15日

書類準備

必須事業計画書を作成できる

必須必要書類を準備できる

領収書、領収書内訳書、システム改修に係るチェックシート

資金計画

必須自己負担分の資金を確保できる

自己負担: 約25%

事前準備

電子申請の環境が整っている

オンライン申請対応

チェックを入れて申請可否を確認しましょう

必須項目をすべてクリアすると申請可能です

公式サイトで申請する

類似補助金との比較

採択率について：比較表内の採択率はAIによる推定値であり、公式発表の数値ではありません。補助金選びの参考としてご活用ください。

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補助金額	最大60万円	最大5億円	最大50万円（展示会出展のみの場合は最大10万円）	要確認	上限15,000円	最大60万円
補助率	診療所3/4、病院1/2、薬局3/4（大型チェーン1/2）	—	補助対象経費の3分の2以内	予算の範囲内で補助金交付要綱に基づき、申し出のあった内容等を審査して決定	—	夫婦ともに29歳以下の場合、上限60万円。夫婦ともに39歳以下の場合、上限30万円。
申請締切	2026年1月15日	令和8年1月13日まで	令和7年12月26日（金）まで ※予算額に達し次第終了	令和7年11月14日(金曜日)	要確認	令和8年3月27日まで
難易度
採択率 AI推定	—	45.0% ※参考値	30.0% ※参考値	30.0% ※参考値	90.0% ※参考値	70.0% ※参考値
準備目安	約14日	約14日	約14日	約14日	約14日	約14日
詳細	—	詳細を見る →	詳細を見る →	詳細を見る →	詳細を見る →	詳細を見る →