【全国】食品製造・小売業者向け補助率最大1/2！冷凍冷蔵機器脱炭素化補助金の申請ガイド（2025年）

環境省が推進する『コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業』は、温室効果の高いフロン類（HFCs）の排出削減と、冷凍冷蔵機器の省エネ化を同時に実現するための重要な補助金制度です。食品小売店舗、製造工場、冷凍倉庫を対象に、脱炭素型自然冷媒機器の導入経費を最大1/2まで補助します。本記事では、令和7年度の最新動向と、次年度以降を見据えた申請のポイントを詳しく解説します。

コールドチェーン脱炭素化補助金の全体像と社会的意義

業務用冷凍冷蔵機器の冷媒として長年使用されてきたHFC（ハイドロフルオロカーボン）は、オゾン層は破壊しないものの、二酸化炭素の数百倍から数千倍という極めて高い地球温暖化係数（GWP）を持っています。2050年のカーボンニュートラル実現に向けて、これらのフロン類を自然冷媒（アンモニア、二酸化炭素、空気、水など）に置き換えることは、日本の環境政策における最優先事項の一つとなっています。

本事業は、コールドチェーン（低温物流網）の各段階において、省エネ性能が高く、かつ環境負荷の低い『脱炭素型自然冷媒機器』の普及を強力に後押しするものです。単なる環境対策にとどまらず、エネルギー価格の高騰に対する経営基盤の強化（省エネによるランニングコスト削減）としての側面も強く持っています。

補助対象となる事業者と設備区分

本補助金は、食品の流通に関わる広範囲な設備を対象としています。大きく分けて以下の3つの区分が存在します。

1. 冷凍冷蔵倉庫

物流の拠点となる冷凍冷蔵倉庫に設置される大型の冷凍機ユニットが対象です。アンモニア冷媒やCO2冷媒を用いた高効率な機器への更新が主な支援内容となります。令和7年度の交付決定では、単年度事業で53事業者、複数年度事業で合計10事業者以上が採択されるなど、非常に需要の高い区分です。

2. 食品製造工場

食品の加工・製造工程で使用されるフリーザーや冷却設備が対象です。製造ラインの脱炭素化は、サプライチェーン全体での排出削減を求める大手取引先からの要望に応えるためにも不可欠となっています。

3. 食品小売店舗（ショーケース等）

スーパーマーケットやコンビニエンスストアに設置されるショーケース、およびそれを駆動する冷凍機ユニットが対象です。特にコンビニエンスストアにおいては、機器代金のみが補助対象となるなどの特例がありますが、店舗数が多いことから採択件数も膨大（令和7年度単年度事業で234事業所）になります。

補助率と大企業・中小企業への重点化施策

本事業の特徴は、単に機器を導入するだけでなく、企業としての明確な脱炭素目標の公表を求めている点にあります。

大企業に求められる『必須要件』の厳格化

大企業が本補助金を受けるためには、交付決定日までに以下の目標を外部公表しなければなりません。

• 新規導入目標: 今後新設または更新する機器の100%（店舗の場合は割合規定あり）を自然冷媒機器にすること。
• 既設含めた転換目標: 2030年および2040年に向けた、自社全設備の自然冷媒化率の具体的数値。

これは、単発の導入ではなく、経営戦略として脱フロンを位置づけることを国が求めている証左です。

令和7年度の交付決定状況分析

令和7年度は、第1次および第2次の公募を経て、多くの事業者が交付決定を受けています。その内訳を見ると、本事業の重要性と競争率が浮き彫りになります。

特に複数年度事業（国庫債務負担行為）は、工期の長い大規模な設備更新に活用されており、冷凍冷蔵倉庫区分での採択が目立ちます。第2次公募の結果を見ても、予算の残枠に対して戦略的に申請が行われたことが分かります。すでに追加公募は終了していますが、これらの採択実績は次年度の審査基準を予測する上で貴重なデータとなります。

失敗しない補助金申請！5つの重要ステップ

よくあるご質問（FAQ）

次年度（令和8年度）を見据えた準備の進め方

令和7年度の公募は終了しましたが、環境省の基本方針に基づき、コールドチェーンの脱炭素化支援は今後も継続される可能性が高いと考えられます。不採択となった事業者や、検討が間に合わなかった事業者は、以下の準備を開始してください。

まとめ：補助金を活用した脱炭素経営への転換