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【2025年】コールドチェーン脱フロン補助金|冷凍冷蔵機器の導入費用を最大1/2補助

3秒でわかる要点
【2025年公募】環境省の「コールドチェーン脱フロン補助金」を解説。冷凍冷蔵倉庫、食品工場、小売店の事業者が対象。脱炭素型自然冷媒機器の導入費用を原則1/3、先進的な中小企業は最大1/2補助。申請は2025年10月10日まで。
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補助金詳細

確認要件
制度・対象の確認
申請対象
会社規模・事業内容
申請書類
計画書の作成・準備
申請・審査
結果通知・交付
最大原則1/3以下(条件を満たす「先進的な中小企業」は1/2)
支給額
2025年10月10日
申請期限
普通
申請難易度

対象事業者(法人・個人)

主催機関
環境省 / 一般財団法人日本冷媒・環境保全機構(JRECO)
対象地域
全国
対象事業者
冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場、食品小売店舗(スーパーマーケット、コンビニエンスストア等)を運営する事業者(大企業・中小企業)

主な申請要件・条件

● 対象経費
  • 脱炭素型自然冷媒機器の導入に要する経費(機器費、工事費など)。対象となる機器は、冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場のフリーザー、スーパーマーケットやコンビニの低温ショーケースなどです。詳細は公募要領でご確認ください。
● 必要書類
応募申請書(様式1)、実施計画書兼報告書(別紙1)、経費内訳(別紙2)、その他公募要領で定められた添付資料。詳細は公式サイトの公募要領をご確認ください。
補助率原則として補助対象経費の1/3以下です。中小企業のうち、大企業に求める条件に合致し、かつ審査時の得点順が上位20%以内の『先進的な中小企業』は補助率が1/2となります。食品小売店舗のうちコンビニエンスストアは機器代のみが補助対象となるなど、細かな規定がありますので、詳細は公募要領をご確認ください。
採択率40.0%

補助金・助成金の概要

Overview

この記事の信頼性
監修:補助金インサイト編集部(中小企業診断士・行政書士監修)
最終更新:2025年9月12日
情報源:コールドチェーン脱フロン・脱炭素化推進事業 公募要領(令和7年度版)

📋
基本情報サマリー
制度名コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業
補助額/率原則1/3以内(先進的中小企業は1/2以内)
対象期間令和7年9月12日〜10月10日(第2次公募)
主な対象経費脱炭素型自然冷媒機器の導入費、工事費など
審査難易度高(技術的要件および省エネ計画が必要)

食品流通の心臓部とも言える「コールドチェーン(低温物流網)」において、脱炭素化は待ったなしの課題となっています。2025年(令和7年度)、環境省は冷凍冷蔵倉庫や食品工場、スーパーマーケットなどが使用する業務用冷凍冷蔵機器の更新を強力に支援する補助金公募を実施しています。

本記事では、最大で導入費用の1/2が補助される「コールドチェーン脱フロン補助金」について、申請支援のプロフェッショナルが詳細に解説します。特に、今回の第2次公募は「複数年度事業」に限定されている点など、重要な変更点も含まれています。申請を検討されている事業者様は、ぜひ最後までご確認ください。

この補助金を30秒で理解

「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」は、環境省が主導する補助金制度です。一言で言えば、「環境に悪いフロンガスを使う古い機器を、環境に優しい自然冷媒機器に買い替えるなら、費用の一部を出しますよ」という制度です。

💡
補助金のポイント早わかり
  • 高額な設備投資を支援:導入費用の原則1/3、条件を満たす中小企業は1/2を補助します。
  • 脱炭素と省エネを両立:フロン排出抑制だけでなく、電気代の削減によるランニングコスト低下も期待できます。
  • 幅広い事業者が対象:冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場、スーパー、コンビニなどが対象です。
  • 複数年度事業に対応:今回の第2次公募は、年度をまたぐ大規模な改修計画(複数年度事業)のみが対象です。

冷凍冷蔵機器は企業の設備投資の中でも非常に高額な部類に入ります。この補助金を活用することで、初期投資負担を大幅に軽減しながら、将来的なエネルギーコストの削減と「環境配慮型企業」としてのブランディングを同時に達成することが可能です。

対象となる事業者

具体的には、以下のいずれかの事業を営む法人(または個人事業主)が対象となります。


主な対象事業者
  • 冷凍冷蔵倉庫事業者:商品を低温で保管する倉庫業を営む事業者。
  • 食品製造工場:食品の製造過程で冷凍・冷蔵設備を使用するメーカーや加工業者。
  • 食品小売店舗:スーパーマーケット、コンビニエンスストアなど、店内に低温ショーケース等を設置している小売業者。

対象外となるケース

すべての冷凍冷蔵機器導入が対象になるわけではありません。以下のケースは対象外となる可能性が高いため、事前の確認が必要です。

自然冷媒ではない機器(特定フロンや代替フロンを使用する機器)の導入
中古品の導入や、リース契約での導入(所有権移転ファイナンス・リースを除く場合が多い)
単年度で完了する事業(※今回の第2次公募は複数年度事業限定のため)

補助金額と計算方法

本補助金の最大の魅力は、その高い補助率にあります。企業の規模や取り組み姿勢によって補助率が変動する仕組みになっています。

事業者区分補助率備考
原則(大企業・中小企業)1/3以内基本の補助率です。
先進的な中小企業1/2以内一定の要件を満たす場合に優遇されます。

「先進的な中小企業」とは?

補助率を1/2に引き上げるためには、以下の2つの条件を満たす必要があります。

1. 目標の設定と公表:大企業と同様の「自然冷媒機器への転換目標」を自ら設定し、それをホームページ等で外部に公表していること。
2. 審査での高評価:補助対象事業の採択案件の中で、審査時の得点順が上位20%以内に入ること。

計算例:
総事業費が6,000万円の場合、原則(1/3)であれば最大2,000万円の補助となりますが、先進的な中小企業として認められれば最大3,000万円の補助を受けられる可能性があります。

申請の流れ

本補助金の申請は、しっかりとした準備とスケジュール管理が鍵となります。特に今回は公募期間が短いため、迅速な行動が必要です。

1
公募要領・申請書類の確認
環境省または実施機関(JRECO)の公式サイトから最新の公募要領をダウンロードします。令和7年度第2次公募の要件を詳細に確認しましょう。
2
公募説明会への参加(推奨)
令和7年9月18日(木)に開催される説明会に参加するか、後日配信される動画を視聴し、不明点を解消します。
3
申請書類の作成・提出
事業計画書、経費内訳書などを作成します。提出は「jGrants」による電子申請、または郵送・持参にて行います。期限は10月10日17:00必着です。
4
審査・交付決定
提出書類に基づき審査が行われます。採択されれば「交付決定通知」が届き、晴れて事業を開始(発注・契約)できます。

審査のポイント

本補助金は要件を満たせば必ずもらえるものではなく、審査によって採択・不採択が決まります。審査員は主に以下の点をチェックしています。

1. 省エネ効果の確実性

導入する機器が、従来の機器と比較してどれだけのCO2削減効果(省エネ効果)を生むかが重要です。計算書の内容が論理的で、実現可能性が高いことが求められます。

2. 費用対効果

「補助金1円あたり、どれだけのCO2を削減できるか」という視点で見られます。過剰なスペックの機器や、不必要な工事費が含まれていないか厳しくチェックされます。

3. 事業実施能力

特に今回の第2次公募は複数年度事業であるため、長期にわたる事業を遂行できる資金力や組織体制があるかも評価の対象となります。

注意点・よくあるミス

補助金申請で最も多い失敗は、ルール違反による不採択や交付取り消しです。以下の点には最大限の注意を払ってください。

⚠️
交付決定前の発注は厳禁!
補助金事業の鉄則ですが、「交付決定通知書」を受け取る前に、機器の発注や契約、着工をしてはいけません。これを行うと、その経費は一切補助対象にならなくなります。「内示」の段階でも発注はNGですので、必ず正式な通知を待ってください。

よくある質問(FAQ)

Q
リース契約でも補助金を受け取れますか?

一般的な賃貸借契約のリースは対象外となることが多いですが、「所有権移転ファイナンス・リース」など、実質的に購入とみなされる契約形態であれば対象となる場合があります。詳細は公募要領を確認するか、リース会社および事務局へお問い合わせください。

Q
第2次公募で落ちた場合、次回のチャンスはありますか?

本年度(令和7年度)の公募はこれが最終となる可能性があります。来年度(令和8年度)以降の予算については未定ですが、脱炭素の流れは続くため、類似の事業が継続される可能性はあります。ただし、補助率などの条件が変わることもあるため、可能な限り今回申請することをお勧めします。

Q
「複数年度事業」とはどういう意味ですか?

事業期間が単年度(令和7年度内)で完結せず、翌年度(令和8年度)にまたがって実施される事業のことです。大規模な倉庫の建設や改修など、工期が長くなるプロジェクトがこれに該当します。今回の第2次公募は、この複数年度事業のみが対象となっています。

申請すべきかの判断基準

「うちは申請すべきだろうか?」と迷われている事業者様のために、簡易的な判断基準をまとめました。

ℹ️
申請をおすすめするケース
  • 現在、R22などの古い冷媒を使用しており、数年以内の更新を計画している。
  • 電気代の高騰に悩んでおり、省エネ機器への切り替えでランニングコストを下げたい。
  • 大規模な倉庫改修や新設を予定しており、工期が年をまたぐ見込みである。
  • 企業として「脱炭素経営」や「SDGs」への取り組みをアピールしたい。

今日からやるべきこと

公募締切の10月10日まで時間は限られています。申請を検討される方は、直ちに以下の行動を起こしてください。

1. 現状の把握:自社の設備リストを確認し、更新対象となる機器を特定する。
2. ベンダーへの相談:機器メーカーや施工業者に連絡し、自然冷媒機器の見積もり依頼と、省エネ計算が可能かを確認する。
3. 公募要領の熟読:公式サイトから資料を入手し、自社が要件に合致するか最終チェックを行う。

公式情報・問い合わせ先

本記事は概要を解説したものです。申請にあたっては、必ず以下の公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。

📌
公式情報・お問い合わせ
公式サイト JRECO 公募ページを見る →
問い合わせ先一般財団法人日本冷媒・環境保全機構(JRECO)
事業支援センター
電話:03-5733-4964
受付時間:9:00~12:00, 13:00~17:00 (土日祝日を除く)

※最新情報は必ず公式サイトでご確認ください。公募説明会への参加も推奨されています。

免責事項:本記事は執筆時点(2025年9月)の情報に基づいています。補助金の内容は変更される可能性があるため、申請前に必ず公式の公募要領をご確認ください。

最終更新:2025年9月12日

申請前チェックリスト

0 / 5 完了 0%
申請資格
必須 対象者の要件を満たしている
冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場、食品小売店舗(スーパーマーケット、コンビニエンスストア等)を運営する事業者(大企業・中小企業)
必須 対象経費に該当する事業である
脱炭素型自然冷媒機器の導入に要する経費(機器費、工事費など)。対象となる機器は、冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場のフリーザー、スーパーマーケットやコンビニの低温ショーケースなどです。詳細は公募要領でご確認ください。
スケジュール
必須 申請期限内である
締切: 2025年10月10日
書類準備
必須 事業計画書を作成できる
必須 必要書類を準備できる
応募申請書(様式1)、実施計画書兼報告書(別紙1)、経費内訳(別紙2)、その他公募要領で定められた添付資料。詳細は公式サイトの公募要領をご確認ください。
チェックを入れて申請可否を確認しましょう
必須項目をすべてクリアすると申請可能です

類似補助金との比較

採択率について:比較表内の採択率はAIによる推定値であり、公式発表の数値ではありません。補助金選びの参考としてご活用ください。
比較項目
この補助金 環境省 / 一般財団法人日本冷媒・環境保全機構(JRECO)
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補助金額最大原則1/3以下(条件を満たす「先進的な中小企業」は1/2)最大10万円(設備により5万円または10万円)最大50,000円要確認最大200万円(事業者用省エネ設備)要確認
補助率原則として補助対象経費の1/3以下です。中小企業のうち、大企業に求める条件に合致し、かつ審査時の得点順が上位20%以内の『先進的な中小企業』は補助率が1/2となります。食品小売店舗のうちコンビニエンスストアは機器代のみが補助対象となるなど、細かな規定がありますので、詳細は公募要領をご確認ください。定額補助。家庭用燃料電池システム: 5万円、電気自動車等充給電設備(V2H): 5万円、住宅用リチウムイオン蓄電システム: 5万円、太陽光発電システム等の一体的導入: 10万円。雨水貯留タンク代に対して40,000円、設置工事代に対して10,000円を上限に助成
申請締切2025年10月10日令和7年4月1日(火曜日)~令和8年1月30日(金曜日)※予算上限に達し次第終了令和7年8月31日まで随時令和8年1月30日まで随時
難易度
採択率 AI推定 40.0% ※参考値 70.0% ※参考値 30.0% ※参考値 30.0% ※参考値
準備目安約14日約14日約14日約14日約14日約14日
詳細詳細を見る →詳細を見る →詳細を見る →詳細を見る →詳細を見る →

よくある質問

Q この補助金の対象者は誰ですか?
冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場、食品小売店舗(スーパーマーケット、コンビニエンスストア等)を運営する事業者(大企業・中小企業)
Q 申請に必要な書類は何ですか?
応募申請書(様式1)、実施計画書兼報告書(別紙1)、経費内訳(別紙2)、その他公募要領で定められた添付資料。詳細は公式サイトの公募要領をご確認ください。
Q どのような経費が対象になりますか?
脱炭素型自然冷媒機器の導入に要する経費(機器費、工事費など)。対象となる機器は、冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場のフリーザー、スーパーマーケットやコンビニの低温ショーケースなどです。詳細は公募要領でご確認ください。
Q 申請から採択までどのくらいかかりますか?
通常、申請から採択決定まで1〜2ヶ月程度かかります。

お問い合わせ

CONTACT
補助金図鑑 #8968
2026年版
情報ソース
環境省 / 一般財団法人日本冷媒・環境保全機構(JRECO)
2025年12月9日 確認済み

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