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【2025年最新】両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）とは？最大52万円の受給要件を社労士が解説
3秒でわかる要点
【2025年最新】両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）を社労士が分かりやすく解説。中小企業を対象に、柔軟な働き方制度の導入で最大25万円、子の看護休暇の有給化で30万円が支給されます。支給要件や金額、申請方法、注意点を網羅。
補助金詳細
確認要件
制度・対象の確認
申請対象
会社規模・事業内容
申請書類
計画書の作成・準備
申請・審査
結果通知・交付
最大52万円
最大支給額
2025年3月31日
申請期限
普通
申請難易度
対象事業者（法人・個人）
主催機関
厚生労働省
対象地域
全国
対象事業者
3歳から小学校就学前の子を養育する労働者のために、柔軟な働き方を可能とする制度を導入し、利用を支援した中小企業事業主。
主な申請要件・条件
● 対象経費
- 本助成金は、制度導入と利用実績に対して支給されるものであり、特定の経費を補助するものではありません。
● 必要書類
・支給申請書
・支給要件確認申立書
・面談シート（制度導入の場合）
・育児に係る柔軟な働き方支援プラン（制度導入の場合）
・方針を周知したことが確認できる書類（社内報、イントラネットの写し等）
・労働協約または就業規則
・対象労働者の出勤簿またはタイムカード、賃金台帳
・子の存在や生年月日が確認でき ...
・支給要件確認申立書
・面談シート（制度導入の場合）
・育児に係る柔軟な働き方支援プラン（制度導入の場合）
・方針を周知したことが確認できる書類（社内報、イントラネットの写し等）
・労働協約または就業規則
・対象労働者の出勤簿またはタイムカード、賃金台帳
・子の存在や生年月日が確認でき ...
| 補助率 | 本助成金は定額助成のため、補助率の概念はありません。 |
|---|---|
| 採択率 | 30.0% |
補助金・助成金の概要
Overview【2025年最新】両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）とは？
両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）は、育児中の従業員が仕事と家庭を両立できるよう、多様で柔軟な働き方を選択できる制度を導入し、その利用を促進した中小企業事業主に対して支給される助成金です。深刻化する人手不足の中、優秀な人材の確保・定着は企業にとって喫緊の課題であり、この助成金の活用は企業の持続的な成長に繋がります。
この記事では、特に2025年（令和7年）10月1日からの改正内容を中心に、制度の概要、支給要件、支給額、申請の流れまでを分かりやすく解説します。
■ このコースのポイント
- 対象：中小企業事業主のみ
- 目的：3歳から小学校就学前の子を養育する従業員の仕事と育児の両立支援
- 内容：柔軟な働き方制度の導入・利用、または子の看護等休暇の有給化を支援
- 金額：最大30万円＋各種加算（最大22万円）
2025年10月からの改正点！制度は2つの柱に再編
令和7年10月1日より、本コースは以下の2つの制度に再編され、より利用しやすくなります。事業主はいずれかの要件を満たすことで申請が可能です。
- 柔軟な働き方に関する制度を3つ以上導入した場合
- 子の看護等休暇制度を新たに有給化した場合
それぞれについて、詳しく見ていきましょう。
1. 柔軟な働き方に関する制度を3つ以上導入した場合
3歳から小学校就学前の子を養育する従業員が利用できる「柔軟な働き方に関する制度」を複数導入し、実際に従業員の利用があった場合に助成金が支給されます。
支給額
| 導入した制度の数 | 支給額（利用者1名あたり） |
|---|---|
| 3つ以上の制度を導入 | 20万円 |
| 4つ以上の制度を導入 | 25万円 |
注意：1事業主あたり通算5人まで申請可能です。
対象となる「柔軟な働き方に関する制度」
以下のA～Eの中から3つ以上の制度を導入し、就業規則等に規定する必要があります。
- A. 始業時刻等の変更制度：フレックスタイム制度や時差出勤制度（1時間以上の繰上げ・繰下げ）
- B. テレワーク制度：週または月の所定労働日数の半数以上利用可能など、一定の要件を満たすもの
- C. 短時間勤務制度：1日の所定労働時間を平均1時間以上短縮する制度
- D. 保育サービスの費用補助等：ベビーシッターの手配や費用補助
- E. 子の養育のための休暇制度：年次有給休暇や子の看護休暇とは別の有給休暇（年10日以上、時間単位取得可）
受給までの4ステップ
制度を導入するだけでなく、以下のステップを制度利用開始日の前日までにすべて実施する必要があります。
- 方針の社内周知：「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」に基づき、制度利用やキャリア形成を支援する方針を社内で周知します。
- 利用者との面談：制度を利用したい従業員と上司または人事担当者が面談し、内容を「面談シート」に記録します。
- 支援プランの作成：面談結果を踏まえ、対象者ごとに個別の「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」を作成します。
- 制度の利用：プランに基づき、従業員が制度を利用開始し、6ヶ月以内に各制度で定められた利用基準（例：テレワーク20日以上など）を満たします。
2. 子の看護等休暇制度を新たに有給化した場合
令和7年10月1日以降に、これまで無給だった「子の看護休暇制度」を新たに有給化し、就業規則等に規定した場合に助成金が支給されます。
支給額
| 要件 | 支給額 |
|---|---|
| 子の看護等休暇制度を新たに有給化 | 30万円（1事業主1回限り） |
■ ポイント
この制度は、実際に休暇を取得した従業員がいなくても、有給化の規定を整備し、対象となる従業員が1名以上在籍していれば申請可能です。
就業規則等に規定すべき内容
以下の要件をすべて満たす制度として規定する必要があります。
- 年次有給休暇と同等の賃金が支払われる
- 1年度あたり10労働日以上取得できる
- 時間単位で取得でき、いわゆる「中抜け」も可能
- 年次有給休暇とは別に取得できる
見逃せない！2つの加算措置
上記のいずれかの助成金を申請する際に、以下の要件を満たすとさらに加算が受けられます。（それぞれ1事業主1回限り）
| 加算名 | 加算額 | 要件 |
|---|---|---|
| 制度利用期間延長加算 | 20万円 | 導入した制度の利用対象を「中学校修了前の子を養育する労働者」まで延長する。 |
| 情報公表加算 | 2万円 | 厚生労働省のウェブサイト「両立支援のひろば」で、自社の男女別育児休業取得率などを公表する。 |
申請の流れと期限
申請までの大まかな流れ
- 要件の確認と制度設計：自社に合った制度を選択し、助成金の要件を満たすように設計します。
- 就業規則の改定・届出：設計した制度を就業規則に明記し、労働基準監督署へ届け出ます。（常時10人未満の事業場でも規定の整備と周知は必須）
- 社内周知・プラン作成・制度利用：各制度で定められた手順を実施します。
- 支給申請：必要書類を揃え、管轄の都道府県労働局へ申請します。
申請期限
注意：申請の種類によって期限が異なります。期限を過ぎると受理されないため、計画的な準備が不可欠です。
- 制度を3つ以上導入した場合：対象労働者の制度利用を開始した日から6ヶ月が経過する日の翌日から2ヶ月以内
- 子の看護等休暇を有給化した場合：有給化を就業規則に規定した日の翌日から2ヶ月以内
よくある質問（Q&A）
Q. 大企業は対象になりますか？
A. いいえ、このコースは中小企業事業主のみが対象です。業種ごとに資本金や常時雇用する労働者数の上限が定められています。
Q. 個人事業主は対象になりますか？
A. はい、対象となる可能性があります。この助成金は「中小企業事業主」が対象であり、法人格の有無は問いません。常時雇用する労働者数などの要件を満たせば個人事業主も申請可能です。
Q. 申請手続きは難しいですか？専門家に依頼すべきでしょうか？
A. 就業規則の改定や個別プランの作成、利用実績の管理など、専門的な知識が求められる場面が多くあります。助成金の申請代行は法律で社会保険労務士（社労士）の独占業務と定められています。要件漏れや期限切れを防ぎ、確実な受給を目指すためには、助成金申請に強い社労士への相談をおすすめします。
Q. 複数の制度を1人の従業員が利用した場合、実績は合算できますか？
A. いいえ、利用実績は1つの制度で定められた基準を満たす必要があります。複数の制度の利用実績を合算することはできません。
まとめ
「柔軟な働き方選択制度等支援コース」は、従業員のワークライフバランスを向上させ、企業の魅力を高める絶好の機会です。助成金を活用することで、制度導入のコスト負担を軽減し、働きやすい職場環境を実現できます。
特に2025年10月からの改正では、子の看護休暇の有給化だけでも30万円が支給されるなど、中小企業にとって活用しやすい内容となっています。この機会に制度導入を検討し、人材確保と定着、ひいては企業価値の向上に繋げてみてはいかがでしょうか。
助成金の詳細情報
| 両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）概要 | |
|---|---|
| 対象者・対象事業 | 3歳から小学校就学前の子を養育する労働者のために、柔軟な働き方を可能とする制度を導入し、利用を支援した中小企業事業主。 |
| 必要書類（主なもの） |
|
| 対象経費 | 本助成金は、制度導入と利用実績に対して支給されるものであり、特定の経費を補助するものではありません。 |
| 問い合わせ先 | 管轄の都道府県労働局 雇用環境・均等部（室） |
申請前チェックリスト
類似補助金との比較
採択率について：比較表内の採択率はAIによる推定値であり、公式発表の数値ではありません。補助金選びの参考としてご活用ください。
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|---|---|---|---|---|---|---|
| 補助金額 | 最大52万円 | 利用料無料 | 最大120万円 | 最大60万円 | 年間上限45万円 | 最大50万円 |
| 補助率 | 本助成金は定額助成のため、補助率の概念はありません。 | — | — | — | — | 補助対象経費の1/2、補助限度額50万円（1,000円未満切り捨て） |
| 申請締切 | 2025年3月31日 | 要確認 | 令和8年3月6日（金曜日）必着 | 令和8年1月30日まで | 各年度4月1日から翌年3月31日（予算上限に達し次第終了） | 申請受付終了 |
| 難易度 | ||||||
| 採択率 AI推定 | 30.0% ※参考値 | 90.0% ※参考値 | 30.0% ※参考値 | 40.0% ※参考値 | 80.0% ※参考値 | 30.0% ※参考値 |
| 準備目安 | 約14日 | 約14日 | 約14日 | 約14日 | 約14日 | 約14日 |
| 詳細 | — | 詳細を見る → | 詳細を見る → | 詳細を見る → | 詳細を見る → | 詳細を見る → |
よくある質問
Q この補助金の対象者は誰ですか？
3歳から小学校就学前の子を養育する労働者のために、柔軟な働き方を可能とする制度を導入し、利用を支援した中小企業事業主。
Q 申請に必要な書類は何ですか？
・支給申請書
・支給要件確認申立書
・面談シート（制度導入の場合）
・育児に係る柔軟な働き方支援プラン（制度導入の場合）
・方針を周知したことが確認できる書類（社内報、イントラネットの写し等）
・労働協約または就業規則
・対象労働者の出勤簿またはタイムカード、賃金台帳
・子の存在や生年月日が確認できる書類（母子手帳の写し等）
・次世代法に基づく一般事業主行動計画策定届
・その他、利用した制度に応じて必要な書類
・支給要件確認申立書
・面談シート（制度導入の場合）
・育児に係る柔軟な働き方支援プラン（制度導入の場合）
・方針を周知したことが確認できる書類（社内報、イントラネットの写し等）
・労働協約または就業規則
・対象労働者の出勤簿またはタイムカード、賃金台帳
・子の存在や生年月日が確認できる書類（母子手帳の写し等）
・次世代法に基づく一般事業主行動計画策定届
・その他、利用した制度に応じて必要な書類
Q どのような経費が対象になりますか？
本助成金は、制度導入と利用実績に対して支給されるものであり、特定の経費を補助するものではありません。
Q 申請から採択までどのくらいかかりますか？
通常、申請から採択決定まで1〜2ヶ月程度かかります。
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情報ソース
厚生労働省
2025年12月2日 確認済み
