【東京都】医療機関・薬局向け最大14.1万円！こどもDX推進補助金の申請ガイド（2025年）

東京都内の病院、診療所、薬局を対象に、マイナンバーカードを公費負担医療や地方単独医療費助成の受給者証として利用可能にするためのシステム改修費用を支援する補助制度が実施されています。本補助金は、国の補助金に上乗せして交付されるもので、医療機関のDX（デジタルトランスフォーメーション）を強力に推進し、都民の利便性向上と現場の事務負担軽減を図ることを目的としています。

こどもDX推進補助金の概要と目的

東京都が実施する『こども DX 推進に向けた医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業補助金』は、医療現場におけるデジタル化の要となる施策です。現在、マイナンバーカードは健康保険証としての利用が進んでいますが、公費負担医療や地方自治体独自の医療費助成（いわゆる受給者証）については、依然として紙の書類による確認が必要なケースが多く残されています。

本事業は、これらの受給者証情報をオンラインで確認できる仕組み（PMH: Public Medical Hub）との接続に必要なシステム改修を支援します。これにより、窓口での確認作業が自動化され、過誤請求の防止や患者の待ち時間短縮が期待されています。

補助対象となる事業内容

補助の対象となるのは、レセプトコンピューター（レセコン）の改修に係る事業です。具体的には、社会保険診療報酬支払基金（以下、基金）が定める実施要領に基づき、以下のいずれかに該当する事業が対象となります。

• 公費負担医療等のオンライン資格確認を実施するためのシステム改修
• PMH接続に伴うレセコンの機能拡張

対象者と交付金額の詳細

補助対象者の要件

補助金の申請ができるのは、東京都内に開設されている保険医療機関等（病院、診療所、保険薬局）で、以下のすべての条件を満たす必要があります。

1. 医療保険のオンライン資格確認が既に実施可能な体制であること。
2. 公費負担医療等のオンライン資格確認のためのレセコン改修が完了していること。
3. 国（基金）から当該事業に係る補助金の決定通知書を受領していること。
4. 過去に同一の補助金の交付を受けていないこと。

施設種別ごとの補助率と上限額

※補助額の計算において、千円未満の端数は切り捨てとなります。
※国（基金）からの補助金（通常1/2または3/4）に追加して交付されるため、自己負担額を大幅に軽減することが可能です。

申請から交付までの5ステップ

採択に向けた重要ポイントと必要書類

領収書内訳書の記載に関する厳格なルール

審査で最も不備が発生しやすいのが『領収書内訳書』です。本補助金の対象となる経費を明確にするため、以下の点を確認してください。

提出が必要な書類一覧

• 【都様式】別記第１号様式別紙１： 補助金申請額算出表（自動計算シート等）
• 領収書の写し： 実際にベンダーへ支払ったことを証明するもの
• 領収書内訳書の写し： 基金に提出したものと同一の書類
• 基金の交付決定通知書の写し： 国の補助が認められた証拠書類
• チェックシートの写し： 基金への申請時に使用したもの
• 委任状： 開設者と振込口座名義が異なる場合のみ必要

よくある失敗パターンと専門家のアドバイス

失敗例1：GビズIDの取得遅延

『申請期限ギリギリにID申請を始めたが、書類不備でアカウント発行が間に合わなかった』というケースが多く見られます。GビズIDは郵送による審査を伴うため、物理的な時間がかかります。改修工事を検討し始めた段階で、ID取得だけでも先行して済ませておくことが成功の秘訣です。

失敗例2：消費税の二重計上

補助金は通常、消費税仕入控除税額を差し引いて申請する必要があります。確定申告後に返還が生じる場合があるため、会計処理については顧問税理士等のアドバイスを受けるのが一般的です。本補助金も完了後に消費税の確定報告が必要になる点に注意してください。

よくある質問（FAQ）