こどもインフルエンザ予防接種の費用助成【令和8年度】

子どものインフルエンザ予防接種費用を自治体が助成する制度です。対象は生後6か月～15歳（中学3年生）が中心で、自治体により高校生相当まで。助成額は1回2,000～4,000円が目安、接種回数は年齢で1～2回。令和8年度（2026-27シーズン）は2026年10月～2027年1月に実施予定で、多くの自治体が開始1か月前に詳細を公表します。

最終更新：2026年6月19日 ／ 対象年度：令和8年度（2026年度）／ 受付：令和8年10月開始予定（自治体により異なる）

3行でわかる要点（TL;DR）

• 誰が：生後6か月～15歳（中3）の子ども。自治体により高校3年生相当まで対象。
• いくら：1回あたり2,000～4,000円の助成。年齢別に1～2回まで。経鼻ワクチン（フルミスト）も2歳以上で対象とする自治体が増加。
• いつまで：令和8年度は2026年10月～2027年1月が接種・助成の対象期間（予定）。令和7年度は2026年1月31日で終了済み。

制度の概要｜こどもインフルエンザ予防接種費用助成とは

こどもインフルエンザ予防接種は法律上の「定期接種」ではなく任意接種のため、原則は全額自己負担です。これを軽減するため、多くの市区町村が独自に接種費用の一部または全額を助成しています。毎シーズン（おおむね10月～翌1月）に実施され、制度自体は年度ごとに継続して運用される恒常的な事業です。

令和7年度（2025-26シーズン）の助成は2026年1月31日で受付を終了しました。一方で、荒川区などの自治体は次年度の令和8年度（2026-27シーズン）の接種期間を「令和8年10月～9年1月」と公表しており、本ガイドはこの令和8年度の最新情報を主役に解説します。

対象者・対象年齢はいくら？まず判定

対象年齢・回数は自治体で差があります。以下のチェッカーで、お住まいの一般的なパターンに当てはまるか確認してください（結果は目安です）。

助成金額はいくら？年齢別の目安と受給額シミュレーター

助成は「1回あたり定額」を「年齢別の回数」分受けられる方式が一般的です。下のシミュレーターで、年齢と1回あたり助成額・接種回数を選ぶと総助成額と実質負担の目安が出ます（金額は自治体により異なる概算です）。

例えば1回4,000円助成・2回接種なら合計8,000円の助成です。年齢別の標準的な接種回数は、生後6か月～12歳が2回、13～15歳が1回が目安です。医療費そのものの助成（子ども医療費助成）と併せて確認すると家計の負担を見通せます。

申請方法・接種の流れ｜いつ・どこで

多くの自治体は「窓口での事前申請が不要で、指定医療機関で接種時に費用が差し引かれる（現物給付）」方式です。流れは次のとおりです。チェックリストで準備物を確認しましょう。

用意しておく書類（チェックはこの端末にだけ保存されます）

区外接種や指定外医療機関で受けた場合は、いったん全額を支払い、後日償還払い（払い戻し）を申請する自治体もあります。保育料の助成など、子育て関連の他制度と申請窓口が共通のことも多いので、まとめて確認すると効率的です。

受付はいつまで？令和8年度の締切カウントダウン

令和8年度（2026-27シーズン）の接種・助成対象期間は、多くの自治体で2026年10月1日～2027年1月31日が予定されています。ワクチンの在庫やフルミストの有効期限の関係で、年明け早めの接種が推奨されます。下のカウントダウンは想定締切（2027年1月31日）までの目安です。

経鼻ワクチン（フルミスト）は助成対象？

注射が苦手な子ども向けに、鼻に噴霧する経鼻弱毒生ワクチン「フルミスト」を令和7年度から助成対象に加える自治体が増えています。一般に2歳～15歳（自治体により高校3年生相当）で1回噴霧が対象です。ただし入荷・予約状況により接種できない場合があり、有効期限が年明け早期に切れるため、希望する場合は医療機関へ早めに在庫を確認してください。

他制度との比較｜どの助成を使える？

子どものインフルエンザ予防接種助成と、関連する子育て支援制度を比較しました（金額・条件は2026年6月時点の目安）。

申請で差し戻し・対象外になる失敗事例と注意点

助成を受け損なう典型的な失敗事例を5つ挙げます。いずれも事前確認で防げる落とし穴です。

1. 期間外接種で対象外：令和7年度は2026年1月31日で終了済み。令和8年度の開始（10月予定）前に接種すると助成対象外になる失敗が起きやすいです。
2. 指定外医療機関での接種：協力医療機関以外で受け、償還払いの申請を失念して助成を受けられないNG事例。
3. 書類不備による差し戻し：母子健康手帳や子ども医療証の持参漏れで、当日に助成が適用されない注意点。
4. 回数超過の申請：13歳以上は1回が目安なのに2回分を申請し、超過分が不採用となる失敗。
5. フルミストの在庫切れ：経鼻ワクチン希望で予約が遅れ、有効期限・在庫切れで接種できなかった事例。

これらの失敗・差し戻しは、自治体公式の最新要項を接種前に確認することでほぼ回避できます。

よくある質問

令和8年度の助成はいつから受けられますか？

多くの自治体で2026年10月1日ごろの開始が予定されています。詳細は開始の約1か月前に各自治体公式ページで公表される場合が多いため、9月ごろの確認をおすすめします。

対象年齢は何歳から何歳までですか？

生後6か月～15歳（中学3年生）を対象とする自治体が中心です。一部の自治体では高校3年生相当まで対象とする場合があります。お住まいの自治体でご確認ください。

助成額はいくらですか？

1回あたり2,000～4,000円が目安で、年齢に応じて1～2回まで助成されることが多いです。実際の接種費用が助成額を下回る場合は、実費が上限となります。

フルミスト（経鼻ワクチン）も助成されますか？

2歳以上を対象に助成する自治体が増えています。ただし在庫や予約状況により接種できない場合があるため、希望する場合は医療機関に早めにご確認ください。

申請手続きは必要ですか？

指定医療機関で接種時に費用が差し引かれる現物給付方式が一般的で、事前申請が不要な自治体が多いです。区外・指定外で接種した場合は、後日の償還払い申請が必要になることがあります。

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出典

• 世田谷区「子どものインフルエンザ予防接種の費用助成」
• 台東区「小児インフルエンザワクチン接種費用助成」
• 豊島区「小児インフルエンザ任意接種一部助成」
• 中央区「小児インフルエンザ任意予防接種費用一部助成事業」
• 厚生労働省「インフルエンザ（総合ページ）」