電子処方箋の補助金は延長｜医療機関は令和9年3月31日まで・診療所27.1万円

本記事にはプロモーションを含みます。

電子処方箋管理サービス等関係補助金は、対象の医療機関（病院・診療所）について、令和8年（2026年）9月29日の厚生労働省の事務連絡で導入期限が令和9年3月31日（水）まで延長されました。申請は令和9年9月30日（木）までです。診療所の初期導入の上限は27.1万円です。薬局は事業の完了期限が令和8年9月30日（水）ですでに過ぎており、申請は令和9年3月31日（水）までです。

補助率が1/4なのは大型チェーン薬局だけで、診療所は1/2、病院と大規模病院は1/3です。交付額は、事業額に補助率を掛けた額と上限額の「どちらか低い方」で決まります。

上限額は令和7年10月1日以降に導入完了した場合の額です。同時導入と院内処方機能のみの追加の上限額は、下の交付額表にあります。

電子処方箋の補助金はいつまで？医療機関と薬局の期限

医療機関は令和9年3月31日（水）までに事業を完了すれば補助対象で、申請は令和9年9月30日（木）までです。薬局は事業の完了期限が令和8年9月30日（水）で、期限までに事業を完了したものを令和9年3月31日（水）までに申請します。2026年10月8日時点の整理は次のとおりです。

薬局はまだ間に合う？

薬局の事業完了期限は令和8年9月30日で、すでに過ぎています。期限までに事業を完了している薬局は、令和9年3月31日までに申請できます。令和8年9月29日の事務連絡による延長は、医療機関向けの電子処方箋管理サービスへの接続支援（電子カルテの改修）についてのものです。

令和7年9月29日の第5回電子処方箋推進会議について、公式ポータルは、薬局の補助対象とする導入期限は令和8年9月までの延長を最後とし、未導入の薬局には導入期限までの導入を促す、と記載しています。未導入の薬局に対する新たな期限は、公式ポータルには記載がありません。申請の可否はオンライン資格確認等コールセンター（0800-080-4583）で確認してください。

電子処方箋の補助金はいくら？施設区分別の交付額

交付額は、令和7年10月1日以降に導入完了した場合の上限額です。公式ポータルは「どちらか低い方が交付対象」としており、事業額に補助率を掛けた額と上限額を比べて、低い方が交付されます。大規模病院は病床数200床以上、病院は大規模病院以外、大型チェーン薬局はグループで処方箋受付が月4万回以上の薬局です。

自分の事業額ならいくら交付される？補助額シミュレーター

施設区分と申請区分を番号で選び、領収書内訳書の税込金額（事業額）を入力すると、交付額の目安が表示されます。施設区分の番号は上の表の括弧内、申請区分の番号は表の列の番号と同じです。

一緒に確認したい制度

電子処方箋の補助とは別に、クリニックや医療機関が検討する補助金・助成金です。どの制度が自院に合うかは、補助金診断で自院に合う制度を探すと絞り込めます。

クリニック事務長が2026年度に押さえる補助金と加算の実務クリニックの事務長向けに、補助金と加算の実務をまとめた記事
DX・IT導入補助金まとめ【2026年版】DX・IT関連の補助金を一覧で比べられるまとめ記事
業務改善助成金 令和8年度設備投資と賃上げを組み合わせる事業場向けの助成金。電子処方箋の補助とは別の制度
SII省エネ設備補助金の書き方ガイド設備更新に使える別の補助金。申請書の書き方を解説
高額療養費2026年8月改定｜窓口・医療事務の実務対応ガイド医療機関の窓口・医療事務で必要になる制度改定への対応を整理

対象になる？申請条件のチェック

申請条件は、オンライン資格確認等システムを運用したうえで、電子処方箋管理サービスを利用できるシステムの環境整備が完了していることです。次のチェッカーで、公式ポータルが示す主な条件を確認できます。

電子処方箋とは？補助は何の費用に使える？

電子処方箋は、電子的に処方箋の運用を行う仕組みです。複数の医療機関や薬局で直近に処方・調剤された情報を参照でき、それを使った重複投薬等のチェックもできるようになります。補助は、電子処方箋管理サービスの導入（初期導入）と、新機能（機能拡充）の改修の2種類です。

新機能は、リフィル処方箋、口頭同意による重複投薬等チェック結果の閲覧、マイナンバーカード署名、処方箋ID検索、調剤結果ID検索（保険調剤薬局の場合のみ）、院内処方機能です。公式ポータルの「7.対象項目」にある補助対象経費の主なものは次のとおりです。

補助対象項目の全文は、公式ポータルの補助金ページで確認してください。

申請区分はどれを選ぶ？初期導入・同時導入・院内処方機能

申請区分は3つで、領収書内訳書も区分ごとに分かれています。区分と異なる内訳書で申請すると、取消再申請となる可能性があります。

申請の流れは？何を用意する？

申請は、医療機関等向け総合ポータルサイトで行います。流れは次の5段階です。補助金申請時に入力が必要な「完了日」は、電子処方箋管理サービスを利用できるシステムの環境整備が完了した日で、運用開始日と完全に同じ意味ではありません。運用開始日の入力も依頼されています。一括申請もあります。

1. 電子処方箋管理サービス、新機能、または両方を同時に導入完了する
2. システムベンダ等から請求書等を受け取る
3. システムベンダ等に費用を精算する
4. システムベンダ等から領収書と領収書内訳書を受け取る
5. 必要な書類を添付して補助金を申請する

申請書類は次のとおりです。

用意しておく書類（チェックはこの端末にだけ保存されます）

令和9年度の電子カルテ導入支援は？申請を急ぐ前に確認したいこと

厚生労働省は、令和9年度に2つの電子カルテ導入支援を行うことを検討中です。①厚生労働省において認証されたクラウドネイティブ型電子カルテ製品の導入支援、②政府の医療DXサービスへの接続機能を有する「パッケージ版電子カルテ製品」の導入支援（電子カルテ更改時）です。検討中の段階で、決定した制度ではありません。

①②とも、電子処方箋管理サービスへの接続機能を有することを要件とする予定です。厚生労働省は、本補助金の利用を検討する際に、こうした点や政府の医療DXサービスへの接続機能の有無も考慮して、各医療機関の電子カルテの導入・更新の計画を検討するよう依頼しています。参考資料として、電子カルテ普及計画と令和9年度概算要求が示されています。

都道府県の上乗せ補助はある？

大阪府の「電子処方箋普及促進事業」は、令和7年度をもって終了しました。令和8年度の実施予定はありません。2次募集（令和7年11月4日〜令和8年1月18日）も終了しています（令和8年1月19日掲載）。

他の都道府県の上乗せ補助は、国の公式ポータルには記載がありません。所在する都道府県の薬務担当等に確認してください。

よくある質問

次にすること

医療機関は、申請区分を決めてから領収書内訳書を準備し、事業の完了期限（令和9年3月31日）を逆算して導入スケジュールを組みます。電子カルテの更新を予定している場合は、令和9年度の支援の検討状況も確認してください。

最終更新：2026年10月8日

出典

• 医療機関等向け総合ポータルサイト「令和7年10月1日以降に電子処方箋管理サービスを導入した医療機関等における電子処方箋補助金について」（新しいタブで開きます）
• 厚生労働省「電子処方箋」（新しいタブで開きます）
• 厚生労働省「電子処方箋 対応施設」（新しいタブで開きます）
• 大阪府「電子処方箋普及促進事業について（終了しました）」（新しいタブで開きます）